Mesmo sendo o autor do pedido de instalação da CPI do Cachoeira, Protógenes foi envolvido em campanhas mentirosas da chamada grande imprensa porque prendeu duas vezes o banqueiro Daniel Dantas, grande financiador de diversos veículos de comunicação, e sócio da revista Veja, que faz campanhas sórdidas contra o delegado.
Por 18 votos a 1 e uma abstenção, o conselho derrubou o parecer do relator Amauri Teixeira (PT-BA) que defendia a abertura de processo para investigar indícios de ligação do deputado com integrantes do grupo, sem nenhuma prova, a não ser ligações telefônicas que tratavam de outras investigações, como a Satiagraha, que permitiu a devolução ao Brasil de vários milhões de reais desviados para os EUA.
A representação do deputado bahiano pedia a investigação das relações de Protógenes com Idalberto Matias Araújo, conhecido como Dadá, ex-sargento da Aeronáutica e acusado de ser o "araponga" do grupo de Cachoeira, embora as ligações telefônicas não tivessem nada que ver com as operações de Cachoeira.
Em sua defesa, Protógenes lembrou que foi autor do pedido de instalação da CPI do Cachoeira. De acordo com o deputado, seria incoerente atribuir a ele qualquer relação com o esquema. Graças ao delegado e deputado Protógenes, a CPI foi instalada e revelou um esquema milionário de corrupção envolvendo a Construtora Delta e o bando criminoso de Carlos Cachoeira, com importantes ramificações no governo de Goiás.
Protógenes argumentou que a aprovação do parecer de Amauri Teixeira, já seria sua condenação política. Delegado da Polícia Federal perseguido e ameaçado por agir com honra e honestidade, Protógenes disse ter conhecido Dadá em 2007, durante um trabalho envolvendo os serviços de inteligência da PF e da Aeronáutica.
O que a grande mídia não mostra, entre muitas outras coisas, é que a atuação do delegado Protógenes no Congresso tem sido exemplar e importante: ele apresentou o pedido de instalação da CPI de Cachoeira, é autor de projeto de Lei que melhora a devolução ao Brasil de bens desviados para o exterior de forma ilícita, é autor de projeto que aumenta as penas de policiais que colaborem com governos estrangeiros, entre outros.